柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：山寺宏一 青野武 置鮎龍太郎 古谷徹 茶風林 藤村歩 柚木涼香 永井一郎 緒方賢一 伊武雅刀 羽佐間道夫 由愛典子 伊藤健太郎 浪川大輔 野島健児 山口勝平 鳥海浩輔 高瀬右光 大浦冬華 阪口大助 家中宏 飯塚昭三 田中敦子 井上和彦 子安武人
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演员：米夏埃尔·赫尔比希 克里斯托夫·玛丽亚·赫布斯特 海克·玛卡琪 艾莲娜·萨尔瓦·冈萨雷斯 尼克·布莱波尔 汉斯·克拉林 Rick Kavanian Martin Kurz Wolfgang Völz 克里斯托夫·哈根·迪特曼 米夏埃尔·克斯勒 卡雷尔·多布雷 Karel Vávrovec Mojmír Maderic Nicholas Hohmann 米罗斯拉夫·塔博尔斯基 奥利弗·波彻 马克·施泰因迈尔 Jan Loukota 卡斯珀·艾歇尔 Hans Paetsch
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